14.05.2010
A    ttest_corrected.m
	T-Test z poprawka dotyczaca kroswalidacji. 

M    runtest_icann2010_qpc_nb.m
	zapis wynikow do pliku wraz z t-testem (z poprawka dla kroswalidacji)

M    cv.m
	wyznacza dla kazdego modelu porownanie za pomoca TTestu (z poprawka dla
	kroswalidacji)

M    wilcoxon.m
	poprawiony blad, teraz wyniki identyczne z SPSS-em, dziala takze gdy
	porownyjemy dokladnie identyczne probki

11.05.2010
M    qpcnet.m
	* implementacja sieci korzystajacej z qpc_proto (patrz ICANN 2010).

M    f_x4.m
	* dodany gradient po parametrach a i b

M    clusteroptimize.m
	* uczenie neuronu dla klastra korzystajac z qpc_proto (nieskonczone)

M    bgraph.m
	* wyswietlanie wag i poprawa innych opcji

M    f_sigm.m
	* gradient po prarametrach a i b

M    f_bisigm.m
	* gradient po parametrach a i b

M    clusterfunction.m
	* drobne modyfikacje

M    f_gauss.m
	* gradient po parametrach t i sigma

M    f_bicentral2.m
	* gradient po parametrach t i sigma i slope

A    nbtest.m
	* test NaiveBayes (na potrzeby cv())

M    qpctrain_proto.m
	*inicjalizacja za pomoca QPCquick, nowa opcja 'Repetitions' - zwraca siec
	najlepsza z danej liczby powtorzen

M    f_bicentral.m
	* dodany gradient po parametrach a i b i slope

A    cv.m
	* dawny multitest, krosswalidacja korzystajaca z narzedzi dostenych w
	wersji 7 Matlaba (2010a)

M    lvqerror.m
A    f_sigm_inv.m
	* odwrotnosc f_sigm (prawdopodonie nie bedzie potrzebna ta funkcja)

A    clusteroptimize_mse.m
	* tworzy wezel wycinajacy klaster, wagi i progi optymalizowane poprzez
	minimalizacje MSE

30.04.2010

M    qpcfunction_quick.m
	Teraz zwraca tez pozycje prototypow.

D    qpctrain_simple.m
	Zastapiony przez qpctrain_proto.

A  + data_load.m
	Czyta dane z pliku (z katalogu) i umieszcza w strukturze data_struct.

M    qpctrain.m
	Porzadki z opcjami. Uczenie 'qpcquick' i 'proto'.

A    runtest_icann2010_speed.m
	Porownanie szybkosci i skutecznosci uczenia qpc_proto i qpc tradycyjnego na
	potrzeby konf. ICANN.

M    qpc_1d.m
	Drobne nieistotne zmiany .

A  + qpctrain_proto.m
	Zastapil qpctrain_simple. Odswiezony, uporzadkowany.

D    load_data.m
	Zastapiony przez data_load.

M    project_points.m
	Wyznacza polozenie prototypow na prostej y = wx +m, dla danych punktow
	rzutowych.

M    qpc_config.m
	Nowe opcje dotyczace wyboru metody optymalizacyjnej i metody qpc.

A    data_struct.m
	Struktura z informacjami o danych.

28.04.2010

M    qpcfunction_quick.m
	funkcja zwraca prototypy na prostej.

A    runtest_qpc_quick3.m
	porownanie szybkosci qpc_quick + qpc_simple vs qpc (nie skonczone!!!).

M    bgraph.m
	poprawione odnajdywanie wlasciwego wykresu - po dodaniu slupkow wag byl z
	tym problem.

A    runtest_qpctrain_simple.m
	test porownawczy QPC_simple vs QPC.

A    project_points.m
	rzutuje punkty  z prostej na kierunek w przestrzeni danych D.

27.04.2010
M    qpcfunction_dt.m

A    runtest_qpc_quick2.m
	test QPC_quick. Porownanie wynikow z QPC (wartosc indeksu i szybkosc
	dzialania)

A    saveplot.m
	wyodrebniona trywialna funkcja do zapisu wykresow

M    qpc_1d.m
	modyfikacje ulatwiajace korzystanie z QPC_quick oraz roznych metod
	optymalizacji. 
	Dzialajace metody QPC :qpc ,	quick, proto.
	Metody optymalizacji : gd (multistart lub sekwencyjna), fminunc ,
	fminsearch, random
	Wylaczona opcja logowania wynikow do pliku (do naprawienia
	pozniej).

M    qpctrain.m
	usprawniony mechanizm logowania wynikow 

M    qpc_config.m
	nowa opcja QPCMethod {'qpc', 'quick', 'proto'}
	Modyfikacja opcji OptMethod - usuniete 'qpc_quick'.

21.04.2010
M    qpcfunction_quick.m
	dodanie parametru 'bw' (szerokosc funkcji) - tylko do celow testowych

M    bgraph.m
	nowa opcja 'weights' dodaje wykres wag w postaci slupkow

A    runtest_qpc_quick.m
	funkjca testowa do qpc_quick - chodzi o sprawdzenie wplywu szerokosci
	gaussa i ikosci prototypow na wuniki

M    qpctrain.m
	drobne zmiany dotyczace log-ow.

M    qpc_1d.m
	drobne zmiany zwiazanie z wykozystaniem qpc_quick

2010.04.17
A    qpcfunction_quick.m
	funkcja obliczajaca przyblizona wartosc QPC, dla danego k, okreslaajacego
	liczbe przedzialow, po rzucie na w tworzymy k rownych przedzialow z
	prototypami w centrach, rozmycie f. gaussa ustawiamy na polowe szerokosci
	przedzialu. Wartosc QPC wyznaczana jest b. szybko dla malych k jednak nie
	mozliwe jest policzenie gradintu, wiec optymalizacja tylko za pomoca
	kminsearch (dodane do qpc_1d)

A    qpctrain_simple.m
	uczenie kierunkow QPC z prototypami umieszczonymi w centrach klas. Pozycje
	prototypow tez sa aktualizowane.

A    qpcfunction_dt.m
	funcka QPC zwracajaca takze (trzeci argument) gradient po skladowych
	polozenia prototypow. Przydatne jesli chcemy obok kierunku douczac pozycje
	prototypow.

M    qpcfunction.m
M    qpc_1d.m
	dodana mozliwosc douczania pozycji prototypow.
	dodana mozliwosc uczenia funkcji qpcfunction_quick (przyblizona wartosc
	QPC)

M    qpc_config.m
	nowe opcje zwiazane z uczeniem qpcfunction_quick i qpctrain_simple

M    prototypes_init.m
	poprawony opis (help)

2010.03.26
* classstat.m
	zmiany w indeksowaniu etykiet, labelsIndex teraz zawiera wart logiczne wiec
	moze sluzyc do indeksowania macierzy. Dodane pole 'index' tak aby
	gdy 'c=classstat(y)' to 'c.labels(c.index) == y'

* qpcfunction.m 
	optumalizacja obliczen, udalo sie uproscic ten skrypt i uzyskac niewielkie
	przyspieszenie. Skrypt operuje teraz na mniejszej liczbie tymczasowych
	macierzy wiec tez lepiej jest z kosztem pamieci

2010.03.25
* bgraph.m 
	uzywa teraz ksestimate do wyznaczania gestosci prawd. - dziala teraz
	znacznie szybciej


2010.03.23
* nowe pliki
	qpcfunction_min.m  - oblicza funkcje -qpcfunction(x), potrzebne na uzytek
	metod optymalizacji do szukania minimum

2010.03.18
* zmiany w plikach dotyczacych klasy inputParser. Obiekt klasy jest usuwany po
wczytaniu arametrow. Wciaz nie jest jasne dlaczego bez tego zabiegu wywolanie
niektorych funkji trwa wilokrotnie dluzej.

2010.03.14
* nowe pliki
	lvq.m, lvq_config.m - uczenie LVQ1, wyodrebnione z llvqtrain.m
* zmiany
	glvqtrain.m uczone teraz za pomoca lvq.m

2010.03.13
* zmiany nazwy 
	qpc_option_parser -> qpc_options
	classstat - zmienione nazewnictwo na bardziej czytelne 
*  nowe pliki
	llvqtrain_config.m  - parser opcji uczenia QPC/PCA-LVQ 
	prototypes_init.m   - inicjalizacja prototypow. Moze byc zbalansowana,
	ustalona na sztywno, podana w procentach lub ustalona na srodklach klas

2010.03.07
* zmiany w nazwach plikow i funkcji: 
	linearization -> linearization_pca
	linearization2 -> linearization_qpc
* nowy plik qpc_option_parser.m - funkcja zwracajaca strukture z opcjami
	uczenia QPC. Dla uproszczenia niektore funkcje przyjmuja ta strukture jako argument
* usuniete:
	linearization3.m  - zastpione przez linearization_qpc




%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
2008.01.15
    * ppioptimize3 - nowa wersja, zmieniony sposob liczenia tak aby udalo sie wyznaczyc Gmax, czyli wektor dla ktorego
      wartosc sumy G(x,:) jest najwieksza. W nastepnym kroku bedziemy optymalizowac w tym kierunku.
2008.02.01
    * ppoptimize4 - zmieniony interfejs, tzn. inne nazewnictwo opcji (wykozystalem clase inputParser)
    * ppifunction i ppidfunction - funkcja i pochodna funkcji naliczajacej index (to samo co wczesniej bylo w ppivalue i ppidiff)
    * ppigmaxfunction - wartosc PPI dla wybranego wektora -przydatne przy douczaniu znalezionego juz kierunku
2008.02.02
    * usuwam niepotrzebne pliki: bgraph.m, 
    * funkcje jako drugi argument zwracaja teraz pochodna: f_bicentral2, f_sigm, f_triangular, f_x4 (tu zmienilem tez sposob traktowania parameru B), 
            (usuniete niepotrzebne pliki liczace pochodne)
    * timetest : skrypt do testowania wydajnosci funkcji
2008.02.05
    * ppifunction2 - prawie 20 razy szybsze liczenie funkcji ppi (uzywajac indxowania MATLABowego), 
        pomimo tego, ze funkcja liczona jest w calosci wiec numerycznie powinno to trwac dluzej to matlab potrafil to zoptymalizowac
    * ppifunction3 - jeszcze szybsze liczenie funkcji (ok 15% szyciej od poprzedniej wersji)
2008.02.05
    * ppidfunction3 - drgim argumentem jest pochodna, pomimo duzego
       nakladu obliczeniowego dzieki notacji indexowej finckja dziala 
        kilkadziesiat razy szybciej niz ppidfunction
2008.02.08
    * bgraph3 - szybsze i ladniejsze rysowanie gestosci, dodatkowa opcja pozwala naniesc funckje wewnetrzna uzyta da obliczen
    * ppoptimize4.m - poprawiony help, uproszczone opcje, nowe opcje dotyczase zapisywania wynikow (teraz wyniki laduja w katalogach z datami, 
        nazwy plikow zaleza od operacji jaka wykonujemy)
        operacje: 
            szukanie max. ppifuncrtion (gdy brak argumentow indGmax i ortoWeoghts)
            szukanie max. G dla danego indexy indGmax (gdy podany jest ten argument)
            szukanie kierunku ortogonalnego do danego, gdy podany jest argument ortoWeights (gdy PLOT = ALL animowany jest scaterplot)
    * ppi2woptimize.m - zalazek procedury szukajacej dwoch kierownkow jednoczesnie
    * ppi2wfunction.m - funkcja i pochodna optymalizowana w pliku ppi2woptimize
    * ortof.m - funkcja i pochodna funkcji stanowiacej kare za rownoleglosc wektorow
    * poprawiony i przyspieszony scaterplot, wyglada teraz ladniej
2008.02.11
    * poprawione opcje dotyczace zapisu obrazkow (PLOT = ALL, NONE, LAST, PPI) (SAVE = ALL, NONE, LAST)
    * zmiana nazewnictwa plikow z grafika, teraz nazwa jest tworzona automatyczniewewnatrz pliku ppoptimize4
    * runtest2 - poprawiony, badanie wplywu LAMBDA na wynik ortogonalizacji

%   zapomnialem dopisac o jeszcze kilku zmianach
	*  ppi2wfunction2.m  - korzysta z nowej wersji ppifunction.m 
	*  ppigmaxfunction2.m - szybsze liczenie niz w poprzedniej wersji 

2008.03.28
    * ppioptimize5 - zaimplementowany multitest, pozostalo dorobic opcje, sposob zatrzymywania poszczegolnych modeli i doszlifowac kod
      multistart pozwala uczyc wiele projekcji jednoczesnie, w trakcie uczenie po kilk iteracjach odrzucamy najmniej obiecujace
    * ppifunction.m i  ortof.m - modyfikcja pozwalajace na multstart (obliczanie dla wielu kierunkow jednoczescie)
2008.04.03
    * ppinetwork - budowanie sieci w oparciu o PP
    * testnetwork - testowanie sieci na zb. testowym
    * ppioptimize5 - poprawione
    * clusteroptimize2 - poprawione opcje, wyswietlanie i zbierznosc
    * multitest - test CV wraz ze zliczaniem ilosci neuronow
2008.04.10
    * usuwam przestarzale pliki: bgraph2.m, ppoptimize-octave.m, ppibgraph.m,
	 ppoptimize.m, ppoptimize2.m,  ppoptimize3.m, clusteroptimize.m, ppivalue.m
	 ppidiff.m, fd_x4.m,  ppi2wfunction.m
	 
	 * poprawiony opis: bgraph3
	 * bgraph3, scaterplot - dodane opcje manipulujace elementami wykresu, np.
	 wyswietlanie etykiet klass, polozenie napisow, kolory itp.

~~~~~~~~~~~~~~ 

2008.05.22
	* ppinetwork - kombinacje neuronow (iloczyn) w celu uczenia danych
	nieseparowalnych, teraz siec powinna podardzic sobie z danymi 'circle'
   * ppinetwork, poprawione uczenie sie, niestety siec przeucza sie b. szybko 


~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
2010.02.05
  * bgraph.m = bgraph3 + bgraph4 + bgraph5 - ujednolicenie (pliki bgraph3, bgraph4 i bgraph5 sa juz tylko potrzebne na potrzeby zgodnosci z poprzednimi wersjami)

2010.02.07
  * porzadki z qpcfunction (calkowicie zastepuje stara wersje ppifunction.m)

2010.02.12
  * ppoptimize4 i ppoptimize5 wyrzucone (w pelni zastapione przez qpctrain)
